Tras licenciarse en la Universidad Autónoma de Baja California, Fernanda Samaniego estudió en la UNAM la Maestría en Filosofía de la Ciencia (2004- 2006) y su tesis obtuvo el premio Juan Manuel Lozano. En el año 2007, fue aceptada en la London School of Economics (LSE) donde cursó el Master in History and Philosophy of Science (2008). En ese mismo año ingresó al doctorado en Filosofía de la Universidad Complutense de Madrid. Su tesis doctoral evaluó los fundamentos de la flecha entrópica del tiempo y fue calificada con sobresaliente Cum Laude y Mención de Doctorado Europeo.
Al volver a México realizó una estancia posdoctoral en el Instituto de Investigaciones Filosóficas de la UNAM. Durante esa estancia impartió y co- impartió asignaturas de posgrado con la Dra. Ana Rosa Pérez Ransanz y el Dr. León Olivé. También se integró al “Seminario de Epistemología de Ciencias de la Salud” a cargo de la Dra. Atocha Aliseda.
Desde enero de 2015 la Dra. Samaniego es Profesora de Tiempo Completo de la Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM, donde ganó la definitividad en agosto de 2022 y coordinó la licenciatura de Filosofía, en modalidad abierta del SUAyED, de 2021 a 2024. A partir del 5 de enero de 2025 fue nombrada Secretaria Académica del Instituto de Investigaciones Filosóficas.