Individuales
- Dinámica científica: problemas epistemológicos, ontológicos y pragmáticos (línea central)
- Variedades del empirismo en la filosofía de la ciencia del siglo XX
- Emociones, conocimiento y racionalidad
- Pluralismo ontológico y realismo científico
- Creatividad e innovación en ciencia y tecnología
Colectivos
- Evolución y conocimiento, con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (1990-1993)
- Problemas del desarrollo científico: aspectos epistemológicos, históricos y sociales, con apoyo del CONACYT (1994-1996)
- Racionalidad teórica y racionalidad práctica en la ciencia, como corresponsable, con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (1998-2001)
- Capacidades potenciales, racionalidad acotada y evaluación tecnocientífica, proyecto interinstitucional UNAM y Universidad Nacional de Educación a Distancia (España), con apoyo del Programa de Cooperación Científica con Iberoamérica (2002-2004)
- El cambio conceptual en la ciencia: de los enfoques onto-semánticos a los cognitivistas, como investigadora invitada, Universidad de Santiago de Compostela, con apoyo del Ministerio de Educación y Ciencia de España (2004)
- Filosofía analítica y filosofía política de la ciencia, como corresponsable, con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (2003-2006)
- Reconstrucciones racionales y reconstrucciones históricas. La concepción estructuralista en los debates actuales, con apoyo del CONICET, Argentina (2004-2005)
- Sociedad del Conocimiento y Diversidad Cultural, Programa sobre Sociedad y Cultura: México Siglo XXI, con apoyo de la Coordinación de Humanidades de la UNAM, responsable de la línea de Epistemología (2005-2008)
- Modelos y representación en ciencias formales y fácticas. Análisis históricos y conceptuales, con apoyo de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica, Argentina (2007-2011)
- Proyecto FONCICYT 95255: Conservación, desarrollo y aprovechamiento social de los conocimientos tradicionales en México, con apoyo de la Unión Europea y el Fondo de Cooperación Internacional en Ciencia y Tecnología, México (2009-2011)
- Sujetos, emociones y nuevas formas de conocimiento, como responsable, Proyecto IN 402609, con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (2009-2011)
- El portal mexicano de conocimientos tradicionales: problemas epistemológicos, Proyecto IN 402509, con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (2009-2011)
- Intervención en organismos vivos: los límites del arte en el entrecruzamiento con la ciencia y la tecnología, con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (2011-2013)
- Fortalecimiento de la innovación social en comunidades indígenas y campesinas de México: compartiendo saberes - transformando realidades, Proyecto ID 400112, con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (2012-2014)
- Lógicas del descubrimiento, heurística y creatividad en las ciencias, como corresponsable, Proyecto IN400514 con apoyo del PAPIIT-DGAPA, UNAM (2014-2016)